医学技术学院；针灸推拿、康复治疗技术、医疗美容技术、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、食品营养与检测、眼视光技术、医学影像技术、医用电子仪器与维护
临床医学院；临床医学
中医学院；中医学
护理学院；护理、助产
药学院；中药制药技术、药学经营与管理、中药、生物制药技术、药物制剂技术、药品质量检测技术、药机设备制造与维护
重庆医药高等专科学校共有教师671人，其中专任教师318人，专任教师中，中级以上职称249人，占专任教师的77.99%；拥有硕士研究生以上学历154人，硕士以上学位183人；拥有全国名老中医学术传承工作室专家1人、全国食品药品教学指导委员会药物制剂专业委员会主任委员1人、全国青少年培养导师1人、重庆市教学名师1人、重庆市名中医指导教师1人、重庆市学术技术带头人1人、感动重庆十佳教师提名奖1人、重庆市教书育人楷模2人；市级教学团队4个。
学校以“不让一个学生因家庭经济困难而失学”为总体目标。设立了奖、助、贷、勤、减、补”等六个方面的资助项目，建立了以国家奖助学金、生源地信用助学贷款为主要资助渠道，以校内奖学金、勤工助学、困难补助、学费减免，校政企多方合作的捐赠奖助学金等为必要补充的全方位、多元化的学生资助体系。学生受助面达40%以上。同时实施家庭经济困难学生新生“入学通道”，以帮助学生顺利完成学业。
重庆医药高等专科学校图书馆有藏书80.32万册，其中馆藏纸质图书53.92万册，电子图书约26.4万册,电子资源库达18.1TB，年订阅报刊杂志400余种、自购电子资源期刊达8563种；重点收藏药学、检验、临床医学、生物学、护理、中医学、基础医学等专业书刊，馆藏的专业书籍占70%以上；拥有万方数字资源库、万方医学网、万方、CNKI资源库、方正教学参考电子书、超星电子图书、名师讲坛、维普专业题库系统平台、百链数字资源检索平台等。
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