学校奉行医教协同、校企合作、产教融合的办学理念。积极开拓校外实习基地并签订校企合作协议。学院拥有昆明市五华区人民医院（非直属附属医院）、云南博亚医院（附属医院）、昆明市第二人民医院、昆医附二院石林天奇医院和安宁鑫湖医院 3 家教学医院和昆明医科大学第一附属医院、医科大学第二附属医院、医科大学第三附属医院等45 家实习医院。实习企业有云南白药集团、修正药业集团、鸿翔一心堂药业等 32 家，产教融合基地有昆明定美义齿制作有限公司等 3 家，就业基地有昭通市精神卫生中心、芒市护康医院等 4 家医院。为学生实训、实习、就业提供了可靠保障，现已形成了“校院一体、医教融合”的办学特色，在同类院校中独树一帜。
学校建有实验实训室 71 间，拥有专业的基础实验（训）中心、口腔医学实验（训）中心、护理实验（训）中心、药化实验（训）中心等多个实验（训）中心和临床微生物学检验实验室、临床分子生物学检验实验室、药物分析实验室等多个实验室。
“五年一贯制高职”的教育形式
根据规定，“五年一贯制高职”有既定的五年的教学计划，并不是社会上说的简单的2+3或3+2模式。五年一贯制高职教育的最大优势和特点在于贯通中、高等职业教育，整体设计和统筹安排学生的知识、能力、素质以及技能的训练和培养。
就读“五年一贯制”的优势
时间优势：比正常上大学省去一年时间，也减少了高考的压力。
费用优势：前两年每人均享受青岛市中等教育学费补贴，优秀的还享受国家奖助学金。
就业优势：因为是采用职业教育模式，毕业生的就业竞争力非常明显，未毕业即可确定就业岗位。
地域优势：“五年一贯制”计划只能在上海省内报名，学生不出省上学，家长放心。到上海市就读“五年一贯制”的学生，除了周边县市外，浙江、江苏等地学生的也很多。
云南医药健康职业学院下设 5 个系部，目前学校设有口腔医学（临床医学类）、临床医学（临床医学类）、针灸推拿（临床医学类）、口腔医学技术、医学检验技术、医学影像技术、医学美容技术、护理、中药学和康复治疗技术等 17 个专科专业。云南经济管理学院医学院下设护理学、中药学、口腔医学技术、医学检验技术等 8 个本科专业和护理、药学等 9 个专科专业。云南经济管理学院为云南医药健康职业学院的学生搭建升学平台，云南医药健康职业学院毕业生可通过“3+2 专本连读”和“专升本” 的方式通过考试升入云南经济管理学院本科专业就读。
整理中····,学校教师和学生在国家级、省级各类比赛中获得了一系列奖励及荣誉。
学校以人为本，以学生为中心，积极为毕业学生提供就业指导和就业服务，积极开拓就业市场，保障毕业生实现就业。学校提供奖助医保服务，设立“翰文教育助学金”，为品学兼优和家庭经济困难的学生提供资助。学校积极开展社团活动和文化艺术活动，为学生创建浓厚的艺术文化氛围，促进学生多元成长、个性发展，举办各种技能竞赛，提高学生的综合素质和专业技能。
学校秉承国际化办学理念，为学生搭建多元化、多渠道的出国学习交流平台。目前已开展出国学历提升项目、出国就业实习项目、出国前语言培训、跨文化适应能力课程教学、短期海外游学、培训等。同时围绕国家“一带一路”倡议及云南面向南亚、东南亚辐射中心的发展定位，积极探索“专业 + 非通用语”的人才培养模式，为学生提供多样化的就业选择，真正培养“高素质劳动者和技能型人才”。
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