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学校办学以三年制中等职业学历教育为主，开设的全日制专业有农村医学、中医、护理、助产、药剂、中药、医学检验技术、医学影像技术等专业。其中，护理专业是省级骨干示范专业，农村医学和助产两个专业属市级骨干示范专业。学校多层次、多形式办学，与贵阳医学院、贵阳中医学院、遵义医学院等高等院校联办临床医学、护理、检验等专科和本科成人教育。开展护理二学历教育、乡村医师在职学历教育及短期培训。学校与全市26所教学医院构建了院校合作人才培养工作机制，为强化学生技能培训，提高人才培养质量奠定坚实的基础。2012年被省人力资源和社会保障厅批准成立贵州省国家职业技能鉴定第135所，取得计算机、眼镜验光师、育婴师、按摩师等九个项目技能培训鉴定资格。
学校现有7个教学系，18个专业，两所非直属附属医院，32个二、三级教学实习医院，为各专业学生临床见习及毕业实习提供了良好的临床实践教学条件。
毕节医学高等专科学校是经贵州省人民政府批准，教育部备案的具有独立颁发大专学历文凭的公办医药类全日制普通高等专科学校。学校始终坚持“人才强校、质量立校、文化建校、科研兴校”的办学理念，全面贯彻党的教育方针，遵循高等教育发展规律，以立德树人为根本，强化素质教育，注重技能培养，提高人才培养质量。长期以来，学校以多层次、多渠道办学模式，为社会培养了一大批高素质的实用型、技能型、服务型紧缺人才，促进区域医疗卫生事业发展。
为鼓励学生全面发展，同时保证家境贫困的学生顺利完成学业，学校采取“奖、勤、助、补、免"等并用的助学措施。学生全面享受国家和省的各项奖、助学金政策。
学校新校园位于双山新区职教城，占地507亩，建筑面积20万平方米，于2014年11月1日正式搬迁入驻，建有生理、病理、药理、生化、护理、解剖、化学、物理、微寄、内、外、妇、儿、中医、中药、五官、计算机等实验室，每间教室安装电子白板等多功能设备。新校区校园环境优美，教学设备先进，实行“一卡通”数字化校园管理。学校设有10个行政教学科室、3个群团组织科室和7个教研室，5个基层党支部和一个九三学社支社。
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